2003年8月1日，《黑龙江省湿地保护条例》在全国率先施行。随后，甘肃、湖南、陕西、广东、内蒙古、辽宁、宁夏、四川、西藏、吉林、江西、新疆、浙江、山东、北京、青海、云南等省（区、市）也纷纷制定并实施省级湿地保护条例。
近年来，各地积极开展各项湿地保护工作，其中，湿地生态补偿问题被多地提上工作日程。2010年，广东省政协把《加强湿地保护，建立重点湿地生态补偿机制》提案列为省主要领导督办的4个重点提案之一，省财政决定从2011年起每年安排1000万元开展省级湿地保护补助。“十二五”期间，黑龙江将全省50%的天然湿地纳入湿地生态效益补偿范围；2012年，省财政设立1000万元湿地保护补助专项资金，将全省21处湿地保护区和1处湿地公园纳入补助范围。
2010年，江苏省苏州市出台《关于建立生态补偿机制的意见》，将水源地和重要生态湿地列入生态补偿重点，以直接承担这些生态区域生态保护责任的乡镇政府、村委会及农户为补偿对象，2010年-2011年共安排湿地生态效益补偿资金7000多万元。2013年3月，苏州市继续出台《关于调整完善生态补偿政策的意见》，对湿地村的生态补偿采取分类、分档的办法，提高了湿地村的生态补偿标准。
2014年1月1日，湖北省武汉市开始施行《湿地自然保护区生态补偿暂行办法》，由市、区两级财政每年出资1000万元，对全市5个湿地自然保护区进行生态补偿，因湿地保护需要导致生产经营活动受到限制的权益人，或水域、滩涂、林地等因遭受鸟类等野生动物取食而造成经济损失的经营者都将得到补偿。
此外，湿地生态补水工作也在持续开展。上世纪80年代以来逐渐退化干涸的白洋淀，自1988年重新蓄水后，相继从上游的西大洋、王快、安各庄水库及邯郸岳城水库引水补给，国家又于2006年开始实施“引黄济淀”应急生态调水工程，先后补水23次，约14亿立方米，有效保护了白洋淀的生态环境。“十一五”期间，山东省总投资1亿余元，先后实施了黄河三角洲、南四湖、东平湖、马踏湖、单县黄河故道、黄河河口生态补水，微山湖湿地修复等一批湿地监测和保护恢复工程。2002年，黑龙江省开始实施引嫩工程，从松花江上游的嫩江引水补充扎龙湿地储水，并于2009年正式建立了扎龙湿地长效补水机制，目前累计补水超过19亿立方米，使扎龙湿地的缺水危机得到明显缓解。
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