其实这两种看法都有一定的根据，但又都是片面的。苗木病害的原因是多种多样的。有的确是主要由上述的土壤或气象因素引起，在病理学上称之为生理性病害。由于这类病害没有传染性，所以又称为非传染性病害。还有一类病害则主要是由某种生物在特定的环境配合下侵害苗木而引起的，具有传染性，故称传染性病害或侵染性病害。非传染性病害主要是通过改善栽培管理等方法来解决，而传染性病害除改善环境外。
还必须采取一些特殊的施来防治虽然，这两类病害在性质上有所不同。但却有密切联系。一般说来二者是相互促进的。如杨树会由于受干旱而促进传染性溃疡病的发展，而感染溃疡病之后，苗木更不抗干旱的侵袭。能引起苗木生病的生物种类很多。其中最重要的是真菌、细菌、病毒、类菌质体和寄生性种子植物。一种是真菌，真菌与人类的关系非常密切。地上的蘑菇，酿酒的酵母，食用的木耳、银耳，提取青霉素的青霉都是真菌。
有害的真菌也不少。苗木病害绝大多数是真菌引起的。真菌是一种低等生物。菌体大多分为营养体与繁殖体两部分。营养体是丝状的，称为菌丝。菌丝很纤细，反复分枝。单根菌丝只有在显微下オ能看清。成团的菌丝则像一团棉，肉眼即可看清。阴湿天气，某些病苗根部或根颈部长出的白色状物即是菌丝体。菌丝由细胞构成，内含原生质及胞核。病菌的丝在植物体组织内伸延并吸取养分。当菌丝发育到一定阶段便进行繁殖。
真菌用孢子繁殖。孢子的作用与种子相同。孢子直接长在普通的菌丝上或特化的菌丝上。有的孢子集生于一个由菌丝组成的容器里或一个特殊的结构中，这个容器或结构连同其中孢子，即称为子实体，与植物的果实相似。真菌孢子的种类很多，常见的有分生孢子、卵孢子、子囊孢子、担子孢子等。孢子的体积很小，单个的孢子只有在显微镜下才看得见。它们的形态、颜色因真菌种类面异，有圆形、椭圆形、长杆形、线形、星形等。
有的无色透明，有的则带有某种颜色。因此，孢子的形态和颜色可作为识别真菌种类的重要标志。由于孢子的体积小、数量大，所以便于各种自然因素，如风、雨水、昆虫等传播。孢子萌发再生长成菌丝。对于大多数真菌来说，无论抱子的萌发或菌丝的生长都需要有水的存在。至于温度，15～25℃一般都是适合的。所以真菌引起的病害大多发生在温暖多雨的季节。
第二种是细菌，细菌是单细胞的生物。细胞内没有具体的细胞核。体积比真菌更小，需在高倍显徽镜下才看得见。细蘑形态简单大多呈球状或棒状，少数的呈螺旋状。有的细菌在其一端、两端或周身生有鞭毛，可以游动。细菌以一分为二的方式进行繁殖。繁殖的速度很快，一般在1小时内就能分裂一次。细菌的生长繁殖也象真菌一样要求适当高温高湿。最适于植物原细菌生长的温度为26－30℃。
为害苗木的细菌种类不多，但有个别细菌病害是颇为严重的。第三种是病毒和类菌质体，病毒和类菌质体是两种没有完善细胞结构的微生物，它们的粒体由蛋白质和核酸组成，没有细胞壁和核。体积比细菌小得多，只有在电子显徽下才能看清其形态。病毒呈球状、杆状或纤维状。类菌质体则多作圆形、椭圆形或不规则形。这两类微生物分布极广，各种动、植物和微生物都可能受到侵染。在栽培植物中几乎没有不受它们危害的。
但它们在棵子植物上却极少发现。类菌质体对某些苗木的危害相当严重。如由类菌质体引起的泡桐苗丛枝病、枣疯病、桑萎缩等都毁灭性的。病毒和类菌质体在自然界主要靠昆虫，特别是蚜虫和叶蝉等传播。传毒的昆虫在有病的植物上吸取汁液时，同时把病毒或类菌质体吸入体内。当它们转移到健康植物上取食时，便把病原传染给了健康植物。人工嫁接也是传染病毒和类菌质体的重要途径。
凡是从带病或类菌质体的植株上采取的接穂、插条或根条都是带的，以此繁殖出的植株都是病株。因此在选取母树时必须十分留意。还有一种就是寄生性种子植物，在种子植物中，只有极少数是依靠其他植物生活的。我国苗圃中，菟丝子是常见的寄生植物。它的茎带白色，缠绕在苗木上，把大片的苗木缠绕致死。除上述生物外，某些线虫、螨类和藻类等也引起苗木的病害。
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