由于天然土壤中常带有病菌孢子、害虫虫卵或活体以及杂草种子等，因此配制好的培养土需要进行消毒，以达到消灭病菌、祛虫的目的。常用的消毒方法有以下几种：
1、日光消毒法
将配制好的培养土在清洁的地面或木板等上面薄薄地铺开，在烈日下曝晒2-3天。此方法可杀灭大量的病菌孢子、菌丝和害虫虫卵以及线虫等。若是在夏天，这个方法效果会更好。严格意义上讲的话，日光消毒不是很彻底，对于杂草种子起不到很好的灭活作用，但这也是最简便易行的方法。
2、药剂消毒法
这个方法对土壤的消毒杀菌作用也较为明显，在以前的话常用的是含甲醛的福尔马林，在每立方米的培养土中均匀撒上福尔马林50倍稀释液，然后把土堆积起来，盖上塑料薄膜，密闭48小时后去掉覆盖物并把土摊开，待福尔马林气体完全挥发后便可使用。
3、加热消毒法
加热的方法较多，有蒸煮、高压加热和蒸汽发生器蒸汽加热等。加热到80至100摄氏度，持续30至60分钟，就可以达到完全消毒的目的。加热时间不宜过长，否则会杀灭土壤中有益微生物，妨碍花卉的正常生长发育。蒸汽发生器能长时间连续产蒸汽，效率高，适用于花卉生产基地大批量培养土消毒，很大程度上提高工作效率，节省成本。
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